Z nakładaniem obrazkami tworzonymi przez kilka .png w tym 1 przezroczysty już nie raz miałem problem. a to przeglądarki a to biblioteki php. Wygląda tutaj na to, że przezroczystość przeszła na drugi obrazek dodając jej alfa 100% czy jak zwal tak zwal. Wieczorkiem zajrzę w skrypty i może coś Ci poradzę.
Nie używałem jeszcze tych znaków wodnych w magento więc się z chęcią zapoznam.
Tak rozejrzałem się po twoim sklepie i powiem Ci, że te znaki wodne na dużych zdjęciach np. kobiet w prawym dolnym rogu nic nie dają.
PS. sklep już funkcjonuje bo może coś zakupię
EDIT:
u mnie png z png działa ok. Świeżą wersja instalacyjna testowa. sprawdzałem rożne pozycje water marka i jest ok, biblioteka do generowania tego też używa nowych naprawionych bibliotek php.
Może masz jakiś problem z obrazkami? rozszerzenie .PNG zamiast .png (pamiętny problem pod IE z obrazkami .JPG) może masz obrazki w cmyku i przy miniaturach się krzaczy ? a próbowałeś wgrać watermarka w formacie np. jpg na obrazek png ?