witam,
sposobem na uniknięcie wprowadzenia zmian podczas każdej aktualizacji jest stworzenie własnych folderów odpowiadających za skórkę i design sklepu - jeśli do tej pory edytowałeś jedynie domyślne szablony musisz skopiować /app/design/frontend/default i /skin/frontend/default, nadać im swoje nazwy i ustawić w PA jako domyślne wyglądy Twojego sklepu. Potem jedyne co pozostaje to śledzić zmiany jakie wprowadzane są do layout'ów i wprowadzać je ręcznie. Stronka zawierające info nt update'ów znajduję się tu:
Update layout'ów w Magento. To tyle jeśli chodzi o wygląd itp. Jeśli chodzi natomiast o zmiany w kodzie to najprostszym sposobem jest umieszczanie swoich 'ulepszeń' w /app/local (ten folder również nie jest ruszany podczas aktualizacji). Po prostu jeśli np musisz dokonać jakiejś zmiany w /app/code/core/Mage/Sitemap/Model/Sitemap.php to nie edytujesz tego pliku tylko tworzysz tą samą strukturę folderów a /app/local czyli tworzysz /app/local/code/core/Mage/Sitemap/Model/ gdzie umieszczasz zmieniony przez siebie plik Sitemap.php