wszystko jest poprawnie, pliki które są poprawnie dodane w szablonie (JS i CSS zadeklarowane w plikach XML) są ładnie połączone, za to masz problem z plikami które na sztywno zostały dodane w pliku head.phtml - chodzi o pliki jquery oraz jego biblioteki, jakbyś przeniósł ich deklarację do XML to powinno by je też połączyć - choć będzie to ciężkie do zrobienia, trzeba uważać żeby Ci się strona nie posypała, dokładniej javascript - czyli np walidacja pól i checkout
Hosting-Magento.pl = szybki hosting + bezpłatna pomoc z problemami Magento (także programistyczna)