Witam,
Zdaje sie ze z tbody tabelki usuniesz to tu:
app/design/frontend/{package}/{theme}/template/email/order/items/order/default.phtml
a z thead'a tu:
app/design/frontend/{package}/{theme}/template/email/order/items.phtml
P.S
Włączając template hints'y i wysyłając sobie maila otrzymasz maila z podpowiedziami