Zrobilem zgodnie z poradnikiem:
http://www.magentocommerce.com/blog/com ... nts-part1/
tylko ze umiescilem sklepy pod dwiema domenami roznymi ktore kierowaly na inne katalogi:
/var/www/sklep1/
/var/www/sklep2/
caly skrypt sklepu byl wgrany pod /var/www/sklep1/
do /var/www/sklep2/ wgralem htacces + index.php i go przedytowalem.
wszystko zaczelo dzialac ale nie pokazywalo skorek i js.
w tym celu do /var/www/sklep2/ wgralem katalogi js i skin z /var/www/sklep1/
i teraz jest ok, zastanawiam sie tylko czy tak sie poprawnie instaluje multisklep tzn ze trzeba te dwa katalogi przegrac.