wszystkie maile masz w app/locale/pl_PL/templates/email, możesz edytować tez w adminie system -> emaile transakcyjne ale później trzeba ten mail ustawić w konfiguracji żeby nie brał domyślnego
co do logo to proponuje nic nie ruszać tylko zastąpić plik images/logo_email.gif nowym logiem (plik znajduje się w katalogu skin/frontend/.. używanego szablonu a jeśli go nie ma to taki utworzyć)
hosting-magento.pl / magentohosting.eu - szybki hosting Magento
https://www.mage24.pl/ - twój sklep Magento 2 w 5 minut